Belajar di Universitas Islam Indonesia adalah proses penanaman nilai, akhlak dan pembelajaran ilmu pengetahuan bagi siswanya agar mereka dapat berkontribusi dalam memperbaiki kualitas lingkungan di masa depan, atau menjadi insan yang mampu mengemban misi rahmatan lil 'alamiin. Dipandu oleh visi ini, didukung dengan kepeloporan dalam sejarah yang panjang dan keinginan untuk mengemban risalah kesempurnaan, UII berusaha untuk menuju keunggulan pendidikan Indonesia.

Dengan nama Sekolah Tinggi Islam (STI), UII pada awalnya didirikan oleh beberapa tokoh nasional seperti Dr. Muhammad Hatta, KHA. Kahar Muzakkir, Moh. Roem, Wahid Hasyim dan M. Natsir serta tokoh lainnya di Jakarta 28 Juli 1945. STI menjadi pendidikan tinggi nasional pertama di Indonesia yang kemudian berubah status menjadi universitas dan bernama Universitas Islam Indonesia pada 3 November 1947 sebagai respon keinginan dan kebutuhan untuk mengintegrasikan antara pengetahuan dan pendidikan spiritual.

Saat ini UII mempunyai sekitar 17.000 mahasiswa yang tersebar di berbagai program studi. Pada tahun akademi 2010/2011 ini Universitas Islam Indonesia memiliki 8 (delapan) Fakultas dengan 5 (lima) program Diploma III (D3), 21 (dua puluh satu) program studi strata satu (S1), 3 (tiga) program profesi, 7 (tujuh) program strata 2 (S2) dan 3 (tiga) program strata 3 (S3). Sebagian terbesar dari mereka mendapat akreditasi A dan B dari Badan Akreditasi Nasional (BAN-PT).

Sejak 1990an UII membangun Kampus Terpadu seluas 36 hektar di daerah sejuk Jalan Kaliurang di samping kampus-kampus di Kota Yogyakarta (Fakultas Ekonomi di Condong Catur dan Fakultas Hukum di Taman Siswa). Di kampus ini fasilitas masjid, gelanggang olah raga, student convention centre, asrama mahasiswa, auditorium, serta fasilitas penelitian dan perpustakaan sudah sangat memadai. Kampus juga didukung dengan teknologi informasi bagi manajemen yang handal, ketersediaan hotspot wifi dan warung internet yang gratis bagi mahasiswa hampir di semua pelosok Kampus, dan e-Learning yang telah berkembang pesat.

UII mempunyai tingkat kepercayaan baik dari masyarakat, industri dan pemerintah yang tinggi. Lima tahun terakhir UII termasuk dalam universitas yang paling banyak menerima hibah dari Pemerintah (kurang lebih 55 milyar). UII juga termasuk dalam 100 Perguruan Tinggi Unggulan di Indonesia dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi untuk periode tahun 2008. Untuk pertama kalinya pula UII masuk dalam 16 besar rating Webomatrics untuk kategori universitas di Indonesia dan peringkat 88 se Asia Tenggara. UII juga menempati rangking pertama dalam bidang pen berdasarkan jaminan mutu yang dulakukan oleh Dirjen DIKTIberdasarkan penilaian melalui desk evaluation dan site visit.

Kerjasama nyata dengan berbagai perguruan tinggi baik dari dalam negeri maupun luar negeri dilakukan UII dengan tujuan untuk pengembangan sumber daya manusia dan implementasi Sistem Manajemen Mutu. Kerjasama dengan perguruan tinggi dalam negeri seperti terus dikembangkan, diantaranya Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta, Universitas Diponegeoro Semarang, Universitas Sebelas Maret Surakarta, Universitas Gajah Mada Yogyakarta, Universitas Tarumanegara Jakarta, Universitas Bina Nusantara, Universitas Udayana Bali, Universitas Islam Riau, Universitas Lancang Kuning di Pekanbaru, Universitas Islam Sumatera Utara, Universitas Balikpapan, Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Raden Intan Bandar Lampung, dan Akademi Kepolisian RI. Perguruan tinggi luar negeri antara lain dengan Monash University Australia, Pai Chai University Korea, University of Karlsrühe Jerman, Universiti Kebangsaan Malaysia, International Islamic University of Malaysia (IIUM), University of The Philippines, University of Wolongong Australia, Hongkolan I Boras Sweden, Murdoch University, The International Academy of Science (IAS) Innsburck Austria, Dromana Mornington Secondary Colleges Victoria Australia, Asian Institute of Technology Thailand, University Sains Malaysia, Hokkaido University, Universitas Malaysia Trengganu dan Tokyo Metropolitan University.

Kerjasama dalam hal pendidikan dan penelitian dengan lembaga pemerintah juga sudah dilakukan UII antara lain dengan Departemen Pendidikan Nasional, Departemen Agama, Departemen Perhubungan, Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia, Departemen Sosial, Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi, Mahkamah Agung, Mahkamah Konstitusi, Komisi Yudisial, Dewan Perwakilan Daerah, Komisi Pembrantasan Korupsi, beberapa Pengadilan Tinggi dan Pengadilan Tinggi Agama, serta beberapa Pemerintahan Propinsi dan Pemerintahan Kabupaten/Kota.

Kerjasama UII dengan kalangan industri dan asosiasi berlangsung dalam hal pemberian beasiswa, perekrutan lulusan UII, seminar bersama dan bantuan peralatan untuk laboratorium. Kalangan industri dan asosiasi di antaranya adalah Microsoft, SAP, PT Astra, Exxon Mobile Oil, PT Djarum, Tifico, PT Tempo Group, LG Innotek, PT Tirta Investama Indonesia, PT Pancaran Harapan Nusa (PT PHN), BRI, Bank Muamalat, Bank Mandiri, Bank Bukopin, Edugate, Acer, Cisco Networking Academy, Oracle, ACICIS, Ikatan Advokat Indonesia (DPP IKADIN), ICMI, Perhimpunan Advokat Indonesia, Asosiasi Pertekstilan Indonesia, dan Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia. Kerjasama yang diuraikan di atas adalah kerjasama pada tingkat universitas. Di luar itu, terdapat pula kerjasama pada level Fakultas dan Prodi.

Alumni UII sudah sangat dikenal dan tersebar luas ke seluruh Indonesia. Mulai Ketua Mahkamah Konstitusi Prof. Dr. Moh. Mahfud M.D., Ketua Komisi Yudisial Busyro Muqqodas, Ketua Komnas HAM Ifdal Kasim, Ketua LPSK (Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban) Abdul Haris Semendawai, Direktur Utama Bursa Berjangka Jakarta Hazan Zein Mahmud, Hakim Agung Dr.  Artidjo Alkostar, serta Pengarah Badan Nasional Penanggulangan Bencana Prof. Sarwidi, PhD. Di bidang akademik, diantaranya adalah Dr. Sudi Fahmi yang menjadi Rektor Universitas Lancang Kuning Riau, dan Prof. Widodo, ahli gempa nasional, Yanto Supriyadi yang menjadi Rektor Universitas Prof. Dr, Hazairin, SH. Bengkulu, Ir. Bambang Surendro, MT, MA (Rektor Universitas Tidar Magelang), Prof. Dr. Haris Supartono (Rektor Universitas Negeri Surabaya)dan lain-lain.

Banyak pula bupati dan walikota yang merupakan alumni UII seperti Ridwan Mukti (Bupati Musi rawas), Agus Salim (Bupati Mempawah), Burhanuddin Mahir (Bupati Muaro Jambi), Herry Zudianto (Walikota Yogyakarta), Idham Samawi (Bupati Bantul), Suharto (Bupati Gunung Kidul) dan lain-lain.  Serta beberapa figur nasional seperti Artika Sari Dewi (Miss Indonesia 2005) dan artis Zora Vinditta, Mas Danu (ulama muda), Muhammad Aji -Icha- Ferdinan Hakim (basist Jikustik), Henry Josodiningrat (Ketua Granat) serta termasuk pula para praktisi dan teknolog muda seperti Ambar Polah Cahyono yang menjadi ketua Asosiasi Produsen Furnitur, Erwin Maulana, arsitek muda yang menjadi Business Development majalah arsitektur terkemuka di Asia, FuturArc, Wishnu Hendrawan Bayuaji yang menjadi associate member Cook & Associates London, dan masih banyak lagi.

Jejaring kerjasama dan alumni yang kuat ini menunjukkan tingkat kepercayaan yang tinggi dari masyarakat luas. Kami berharap hal ini menjadi jalan bagi proses menuju UII sebagai institusi yang merahmati alam. Sesuai dengan misi universitas pula, memasuki UII berarti sebuah proses penanaman nilai keislaman yang kuat, mengembangkan tradisi inovasi yang berkelanjutan untuk menuju risalah kesempurnaan.